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果糖代谢的主要在肝脏，其次是小肠和肾脏。
摄入的果糖，首先在转运蛋白glut5的帮助下进入小肠，被转化为1-磷酸果糖、葡萄糖和脂肪酸；小肠也有果糖代谢的相关酶，能促进果糖代谢为葡萄糖、乳酸、乳糜等。
然后，果糖在转运蛋白glut2的帮助下进入肠细胞和门静脉，并被运输进入肝脏；有些数据显示，摄入的果糖约85.5%进入肝脏。
在肝细胞内，果糖在酶的作用下被转化为1-磷酸果糖；1-磷酸果糖的去路有三条：葡萄糖、丙酮酸（乳酸）和脂肪酸。
果糖可以直接成为1，6-二磷酸果糖，从而进入糖酵解过程。果糖实际上比葡萄糖更容易被代谢，因为它可以绕过糖酵解途径的限速酶，6-磷酸果糖激酶-I。
果糖优于其它甜味剂的最重要的是其生理代谢特性。果糖在体内的代谢不受胰岛素的控制，在肝脏内果糖首先磷酸化生成1—磷酸果糖，然后分解成丙糖，丙糖进一步合成为葡萄糖和甘油三酯或进入酵解途径。身体正常的人仅有极少量葡萄糖从肝脏释放出来，因此人体摄入果糖不会引起摄入葡萄糖和蔗糖容易引起的严重的饭后血糖高峰和低血糖
正常的糖代谢途径是通过消化和吸收将食物中的葡萄糖吸收进入血液循环,其他的单糖比如果糖,半乳糖,甘露糖在肠道被吸收以后,必须到肝脏被转化为葡萄糖才能正常的被代谢,所以果糖不会直接氧化分解‘
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