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降水是土壤水分的主要来源。但是，当降水中的PH值小于5.6时，便形成了酸雨。显然，当酸雨输入超过土壤缓冲能力时，土壤就会呈现酸化，使土壤的物理化学性质发生变化。比如，加速土壤矿物的风化、释放, 使植物营养元素特别是K、Na、Ca、Mg等产生淋失，降低土壤的阳离子交换量和盐基饱和度等等。此外，酸雨还可以使土壤中的有毒有害元素活化, 比如富铝化土壤会在酸雨作用下会释放出大量的活性铝, 造成植物铝中毒。
此外，还有研究显示①，受酸雨的影响, 土壤中微生物总量明显减少, 其中细菌数量减少最显著, 放线菌数量略有下降, 而真菌数量则明显增加(主要是喜酸性的青霉、木霉)。特别是固氮菌、芽孢杆菌等参与土壤氮素转化和循环的微生物减少, 使硝化作用和固氮作用强度下降, 其中固氮作用强度降低80% , 氨化作用强度减弱30%～50%。这样一来，土壤中氮素的转化与平衡就会遭到一定的破坏，从而影响土壤的肥力这一本质属性
酸雨使土壤肥力降低，它容易使土壤呈酸性，土质的肥力就要降低了
酸雨使土壤板结，不利于作物吸收，肥力降低
酸雨可以使土壤板结，从而降低肥力
首先，有益微生物的活动不但可以改善土壤的理化性状，提高土壤有机质的含量和转化效率，而且具有解钾、释磷、固氮的功能。施入土壤后，菌体很快增殖，形成群体优势分解土壤中被固定的且植物不能吸收利用的氮、磷、钾，并固定空气中游离的氮，供作物吸收利用。
其次，有益微生物本身无毒、无残留，且能分解土壤中因长期施用化肥、农药的残留，溶解污水灌溉后的重金属残留，净化环境。
再次，有益微生物及其代谢产物全部是有效物质。在土壤中的增殖代谢过程中能产生赤霉素及其它活性物质等内源激素，可自身调节生理过程，不会对作物产生副作用。
另外，有益微生物土壤中的增殖及代谢会抑制有害菌的生长，减少作物发病几率，也就减少了农药的用量，降低了大量用药给土壤带来的污染。
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